En 2001, Zarah Ghahramani, étudiante en langues impliquée dans le mouvement contestataire étudiant, est enlevée en plein jour par la police des  mollahs. Condamnée pour incitation à la violence, elle est enfermée dans la prison d'Evin, tristement célèbre pour ses méthodes de torture. Idéaliste, élevée dans une famille progressiste et tolérante, Zarah découvre l'univers carcéral, les humiliations et les sévices. Pour mettre un terme à la barbarie de ses geôliers, elle reconnaît toutes les accusations et finit par trahir.

Récit bouleversant de sincérité, Prisonnière des mollahs raconte au jour le jour cet emprisonnement, et fait la chronique douce-amère d'une jeunesse à Téhéran après l'instauration de la république islamique.